Microbiote intestinal : effet de mode ?

ou vraie révolution ?

On entend beaucoup parler du microbiote intestinal ces dernières années. Mais s’agit-il d’un simple phénomène de mode, ou d’une avancée majeure dans notre compréhension de la santé humaine ?

Le microbiote intestinal désigne l’ensemble des milliards de bactéries qui vivent dans nos intestins et se nourrissent de ce que nous mangeons. En échange, elles rendent de nombreux services essentiels : elles produisent des acides gras à chaîne courte aux effets anti-inflammatoires et métaboliques, participent à la synthèse de certaines vitamines, soutiennent le système immunitaire et contribuent à l’intégrité de la muqueuse intestinale.

L’alimentation, chef d’orchestre du microbiote

De nombreuses expériences ont été menées pour observer l’impact d’un changement alimentaire sur la composition du microbiote intestinal. Les résultats sont remarquablement cohérents.

Le passage d’une alimentation équilibrée à une alimentation ultra-transformée entraîne un appauvrissement rapide du microbiote, avec une diminution des familles de bactéries bénéfiques et une augmentation de bactéries potentiellement problématiques. À l’inverse, le retour à une alimentation naturelle et équilibrée restaure la diversité bactérienne, là aussi très rapidement – souvent en moins d’une semaine.

Ces observations montrent qu’il est possible d’améliorer la santé intestinale, et par extension la santé globale, non seulement grâce aux apports en macronutriments et micronutriments, mais aussi via l’impact direct de l’alimentation sur le microbiote lui-même. Cela ne fait finalement que confirmer ce que l’on pressentait déjà : l’alimentation est l’un des déterminants majeurs de la santé.

Intervenir directement sur le microbiote : nouvelles pistes thérapeutiques

Les découvertes récentes vont cependant plus loin. Il est désormais possible d’envisager des approches thérapeutiques ciblant directement le microbiote intestinal, avec des résultats parfois spectaculaires.

Le cas le plus documenté concerne les infections à Clostridium difficile. Ces infections surviennent souvent après des traitements antibiotiques lourds, qui détruisent une grande partie du microbiote protecteur. Dans ce contexte, le transfert de microbiote fécal provenant d’un donneur sain permet de restaurer rapidement un écosystème intestinal fonctionnel. La procédure peut se faire par voie rectale ou par ingestion de gélules de microbiote déshydraté. Aux États-Unis, la Food and Drug Administration a autorisé en avril 2023 la commercialisation de telles gélules. La méthode est peu glamour, mais son efficacité est souvent spectaculaire, parfois en moins de vingt-quatre heures.

Microbiote et cerveau : des effets bien réels

Des interventions similaires ont été testées chez des personnes souffrant de troubles psychiques, notamment la dépression et certains troubles du spectre autistique. Dans plusieurs études, une amélioration significative des symptômes a été observée.

Ce lien n’a rien de surprenant lorsque l’on sait que les bactéries intestinales produisent de nombreux neurotransmetteurs, ainsi que des hormones et des métabolites capables d’influencer directement le cerveau. Le microbiote est donc un acteur central de l’axe intestin-cerveau.

Microbiote, immunité et traitements lourds

Enfin, le transfert de microbiote fécal a également montré des résultats prometteurs chez des patients sous chimiothérapie devant subir une greffe. Ces interventions ont permis de réduire les rejets de greffe, d’atténuer les effets secondaires des traitements anticancéreux et, dans certains cas, d’augmenter les doses administrées, améliorant ainsi leur efficacité.

Et demain ?

Aujourd’hui, de très nombreuses études sont en cours pour évaluer l’intérêt d’interventions sur le microbiote dans d’autres pathologies, telles que le diabète, l’obésité, les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, la maladie de Parkinson ou encore la maladie d’Alzheimer. Les premiers résultats sont encourageants, même si beaucoup de données restent à consolider.

Une révolution… relative

Dans l’attente de résultats à plus long terme, ces approches paraissent finalement logiques et pas si révolutionnaires qu’on le dit parfois. Elles consistent essentiellement à forcer les effets d’un changement alimentaire, en intervenant directement sur les populations bactériennes que ce changement aurait progressivement induites.

C’est pourquoi certaines réserves restent légitimes, notamment concernant la durabilité des effets si l’alimentation de la personne n’évolue pas en parallèle. À long terme, le microbiote tend en effet à refléter ce que nous mangeons.

En résumé

Le microbiote intestinal n’est ni un gadget, ni une solution miracle. Il représente un levier thérapeutique puissant, à condition d’être intégré dans une approche globale, cohérente et durable de l’alimentation et du mode de vie. La vraie révolution n’est peut-être pas tant dans la manipulation du microbiote que dans la confirmation, toujours plus précise, de l’impact central de notre alimentation sur la santé.

Voici quelques liens pour en apprendre plus si vous êtes intéressé(e) :

• ­Article de l’INSERM, l’institut national français de la santé et de la recherche médicale : https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/

• ­Vidéo avec le Professeur Sokol : https://www.youtube.com/watch?v=zbHnq0vxhSE

• ­Intervention du Dr Doré : https://www.youtube.com/watch?v=5nx3yi0Y2g4. Il s’occupe du projet "Le French Gut" (le microbiote français), projet qui recrute un grand nombre de volontaires pour étudier leur microbiote et mettre en avant les liens entre microbiote et santé.

Photo bactéries de Julien Tromeur